种子类中药的药用部位大多是完整的成熟种子，包括种皮和种仁两部分，种仁又包括胚乳和胚；也有不少是用种子的一部分，有的用种皮，如绿豆衣；有的用假种皮，如肉豆蔻衣、龙眼肉；有的用除去种皮的种仁，如肉豆蔻；有的用去掉子叶的胚，如莲子芯；有的则用发了芽的种子，如大豆黄卷。极少数为发酵加工品，如淡豆豉。
    一、性状鉴别
    主要应注意种子的形状、大小、颜色、表面纹理、种脐、合点和种脊的位置及形态、质地，纵横剖面以及气味等。
    形状大多呈圆球形、类圆球形或扁圆球形等，少数种子呈线形、纺锤形或心形。种皮的表面常有各种纹理，如蓖麻子带有色泽鲜艳的花纹；也有的具茸毛，如马钱子。表面除常有的种脐、合点和种脊外，少数种子有种阜存在，如蓖麻子、巴豆等。剥去种皮可见种仁部分，有的种子具有发达的胚乳，如马钱子；无胚乳的种子，则子叶常特别肥厚，如苦杏仁。胚大多直立，少数弯曲，如王不留行、青葙子等。有的种子水浸后种皮显黏液，如葶苈子；有的种子水浸后种皮呈龟裂状，如牵牛子。
二、显微鉴别
    种子主要包括种皮、胚乳和胚三部分。种子类中药的显微鉴别特征主要在种皮，因为种皮的构造因植物的种类而异，最富有鉴别意义。
    1.种皮  种子通常只有一层种皮，但有的种子有两层种皮，即有内外种皮的区分。种皮常由下列一种或数种组织组成：
   （1）表皮层  多数种子的种皮表皮细胞由1列薄壁细胞组成。有的表皮细胞充满黏液质，如白芥子；有的表皮细胞种含有色素，如青葙子；有的部分表皮细胞形成非腺毛，如牵牛子；有的表皮细胞成为狭长的栅状细胞，其细胞壁常有不同程度的木化增厚，如青葙子；有的表皮细胞中单独或成群地散列着石细胞，如苦杏仁、桃仁；也有表皮层全由石细胞组成，如天仙子。
   （2）栅状细胞层  有些种子的表皮下方，有栅状细胞层，由1列或2~3列狭长的细胞排列而成，壁多木化增厚，如决明子；有的内壁和侧壁增厚，而外壁壁薄，如白芥子。在栅状细胞的外缘处，有时可见一条折光率较强的光辉带，如牵牛子、菟丝子。
   （3）色素层  具有颜色的种子除表皮层可含色素物质外，内层细胞或者内种皮细胞也可含色素物质，如白豆蔻等。
   （4）油细胞层  有的种子的表皮层下有油细胞层，内贮挥发油，如白豆蔻、砂仁等。
   （5）石细胞  除种子的表皮有时为石细胞外，也有表皮的内层几乎全为石细胞组成，如瓜蒌仁；或内种皮为石细胞层，如白豆蔻。
   （6）营养层  多数种子的种皮中，常有数列贮有淀粉粒的薄壁细胞，为营养层。在种子发育过程中，淀粉已被消耗，故成熟的种子营养层往往成为扁缩颓废的薄层，有的营养层中尚包括一层含糊粉粒的细胞。
    2.胚乳  通常由贮藏大量脂肪油和糊粉粒的薄壁细胞组成，有时细胞中含淀粉粒。大多数种子具内胚乳，在无胚乳的种子中，也可见到1~2列残存的内胚乳细胞。胚乳细胞的细胞壁大多为纤维素，也有为半纤维素的增厚壁，其上具有明显微细的纹孔；胚乳细胞中有时含有草酸钙结晶；有时糊粉粒中也有小簇晶存在，如茴香。少数种子有发达的外胚乳，或外胚乳成颓废组织而残留。也有少数种子的种皮和外胚乳的折合层不规则地伸入内胚乳中，形成错入组织，如槟榔；也有的仅为外胚乳伸入内胚乳中而形成的错入组织，如肉豆蔻。
    3.胚  胚是种子中未发育的幼体，包括胚根、胚茎、胚芽及子叶四部分。子叶的构造与叶大致相似，其表皮下方常可看到明显的栅岚组织。胚的其他部分一般亦全有薄壁细胞组成。
    在植物器官中只有种子含有糊粉粒。糊粉粒的形状、大小及构造常依植物种类而异，在中药鉴定中有中药意义。糊粉粒是种子中贮藏的颗粒状蛋白质。