贮藏保管对中药材品质亦有直接的影响。如果贮藏不当，药材就会产生不同程度的变质现象，降低质量和疗效。
一、中药贮藏保管中常见的变质现象
    （一）虫蛀  药材经虫蛀后，有的形成空洞，有的被毁成粉，破坏性甚强，应注意防治。
    （二）生霉  大气中存在有多量的霉菌孢子，如散落在药材表面，在适当的温度和湿度
下，即萌发为菌丝，分泌酵素，溶蚀药材的内部组织，促使腐败、变质，失去药效。
    （三）变色  各种药材都有其固有的颜色，如贮藏不当，药材本身含有的成分，经过氧化、聚合作用或经过分解、缩合等作用，产生有色化合物，使原来色泽加深或改变，以致变质。
    （四）走油  指某些含油药材在贮藏不当时油分向外溢出药材表面，如柏子仁，或药材在受潮、变色、变质后表面呈现油样物质的变化，也称为“走油”，如枸杞、麦冬等。
    （五）自燃 
    （六）其他  有些药材在贮藏过程中所含有效成分会自然分解或起化学变化而降低疗效，如绵马贯众、樟脑、冰片等，这类药材不能久贮。
   
二、中药的贮藏保管和害虫防治
    （一）仓库的管理  应有严格的日常管理制度，保持经常性的检查，保证库房干燥、清洁、通风。注意外界温度、湿度的变化，及时采取有效措施调节室内温度和湿度。药材人库前应详细检查有无虫蛀、生霉等情况。凡有问题的包件都应进行适当的处理，只有合格的包件才能入库贮藏。贮藏的方法可根据药材的特性分类保管。如剧毒药与非毒性药材分开，专人管理；容易吸湿霉变的药材应特别注意通风干燥，必要时可翻晒或烘烤；含淀粉、蛋白质、糖类等营养成分容易虫蛀的药材，应贮存于容器中，放置干燥通风处，并经常检查，必要时进行灭虫处理；少数资重药材也应与一般药材分开，专人管理，有的应密闭贮存，勤于检查，防霉、防蛀。
    （二）害虫的防治 
    1．贮藏   在中药贮藏保管方面，人们积累了很多好的，如牡丹皮与泽泻放在一起，牡丹皮不易变色，泽泻不易虫蛀；花椒、细辛、毕澄茄（山苍子）、樟脑、大蒜都可单独与有腥气的动物药一起存放，可防虫；白酒的蒸气能使害不易生存，也可直接洒酒在药材上；有些药材可暂时放入石灰缸或理入谷糠中保存，避免受潮。
    2．利用温度贮藏
   （1）用低温方法，药材害虫一般在环境温度 8～15℃时停止活动，在－4～8℃时，即进入冬眠状态，温度低于－4℃，经过一定时间，可以使害虫致死。不但能防虫，亦可防霉，防变色、走油等。
   （2）用高温方法，药材害虫对高温的抵抗力较差，当环境温度在40～45℃时，害虫就停止发育、繁殖。温度升到48~52℃时，害虫将在短时间内死亡。注意烘烤药材温度不直超过60℃，含挥发油的药材不宜烘烤，以免影响质量。
    3．化学药剂处理 用于药材杀虫的药剂必须挥发性强，有强烈的渗透性，能渗人包装内，效力确实，作用迅速，可在短时间内杀灭一切害虫和虫卵，杀虫后能自动挥散而不永远沾附在药材上，并且对人的毒性小，对药材的质量没有影响。较常用的杀虫剂有：氯化苦（化学名为三氯硝基甲烷）、磷化铝、二氧化硫。
    近年来国内采用的新技术有气调贮藏（气调养护）和60钻辐射灭菌。气调养护是调节库内气体成分，充氮或二氧化碳，降低氧气，使害虫缺氧而死，60钴射线有较强的灭菌能力。