在审计的实施阶段，审计人员要根据计划阶段确定的审计范围、重点、步骤、方法，收集证据并进行评价，藉以形成审计结论。实施阶段是审计全过程的中心环节，其主要工作内容包括：对被审计单位内部控制的建立及遵循情况进行符合性测试，根据测试结果修订审计计划；对会计报表项目的数据进行实质性测试，根据测试结果进行鉴定、评价。
（一）符合性测试
符合性测试是对内部控制制度的状况以及是否得到贯彻执行而进行的测试。
需要指出的是，符合性测试并不是每个特定的审计项目都必须执行的。若出现下列情况之一时，审计人员可不进行符合性测试，而直接进行实质性测试流程：
1、  相关内部控制不存在；
2、  相关内部控制虽然存在，但审计人员通过了解发现其并未有效运行。
3、  符合性测试的工作量可能大于进行符合性测试所减少的实质性测试的工作量。
审计人员在对被审计单位的内部控制制度进行符合性测试以后，要对内部控制的有效性做出评价。评价种类可分为高信赖程度、中信赖程度和低信赖程度三种。如果审计人员将被审计单位的内部控制评价为高信赖程度，审计人员就可以更多地依赖内部控制，减少下一步实质性测试的程度；如果审计人员就要扩大实质性测试的程度，必要时可进行详细审计。因此，审计人员可以根据符合性测试的结果确定实质性测试的性质、时间和范围。
 
（二）实质性测试
所谓实质性测试，是指搜集直接证据所进行的更为深入的检查。实质性测试的目的是为取得审计人员赖以作出审计结论的足够的审计证据。实质性测试通常采用抽样方式进行，其抽样的规模需根据内部控制的评价和符合性测试的结果来确定。审计人员在实质性测试中要做以下主要工作：
1、  盘点实物
2、  检查凭证
3、  核实账户记录的金额
4、  核对有关记录
5、  对相关资产和负债的期末余额进行函证
6、  对计算结果进行复算
7、  向有关人员进行查询
8、  其它必要的工作
关于审计实施阶段的工作，还有几点需要加以说明的：
（1）实质性测试是实施阶段必不可少的工作。尽管在实施过程中已经进行了符合性测试，但它不可取代实质性测试。
（2）实质性测试和符合性测试的结果是互相补充的。如果符合性测试的结果令审计人员满意，则实质性测试的量可以少些。反之，实质性测试的量要大些。
（3）实质性测试和符合性测试在执行时间上有时存在交叉，实质性测试中的有些工作，可以在符合性测试之前进行。
（4）实质性测试和符合性测试是一个整体的各个阶段，对各阶段中的工作及其结果都应作好审计工作底稿，以便进一步对所取得的证据进行分析与综合，据以发表审计意见。